民主進步黨籍立委鄭麗君指出，在課綱微調爭議未歇時，吳思華在8月底安排出國公務行程，並在公務行程後，請了3天個人休假，雖然沒有違法，但仍有公私混用的疑慮，影響社會觀感。
吳思華解釋，當時因課綱議題，向行政院表達去留，院長毛治國要求他先休息一下再決定，因此才會休假3天。他考量在國內休假，在當時的時空環境下，可能會造成維安人員困擾，在國外休假才能讓相關同仁有喘息的機會。
吳思華也強調，3天個人休假，住宿都是自費，並沒有花到任何公帑。而在德國公務行程中，完成了許多重要任務，包括簽署台德雙方第一份官方合作意向書。
除了休假爭議，鄭麗君等在野黨立委，也以723陳抗事件逮捕記者、課綱微調後續處理不周等理由，提案刪減教育部長特別費，和執政黨立委針鋒相對，最後教委會輪值召委、中國國民黨籍立委陳碧涵決定先「保留」，待其他提案討論結束後再處理。