根據日本和美國的規劃，這座基地完工後將用來取代目前設在宜野灣市(Ginowan)的普天間(Futenma)軍事設施。但琉球居民強力反對。
去年當選琉球知事的翁長誓言對抗這項計畫。他在今天以「法律瑕疵」為理由，撤銷前任知事在2013年批准的興建許可。
但日本政府發言人、內閣官房長官菅義偉(Yoshihide Suga)在東京表示，基於安全理由，普天間軍事基地必須遷移至邊野古。菅義偉說：「我們的計畫沒有改變。」他並且指出，翁長的決定「令人非常遺憾」。
美國目前在日本總共部署了約5萬部隊，其中半數是在琉球。
約有4,000名美軍陸戰隊駐紮在普天間基地，並進行相關的飛行員訓練，也對琉球地區的其他陸戰隊同袍提供支援；但飛行訓練的噪音等因素，引發當地民眾不滿。1996年，美日兩國政府提出將基地遷移至邊野古的計畫，而琉球居民堅持美軍基地必須遷出琉球。