基亞疫苗工廠總樓地板面積約1萬2000平方公尺，由丹麥NNE公司規劃設計，中宇環保負責工程管理，潤弘精密承造。擁有細胞培養疫苗與蛋白質藥物2條生產線，並配置壓差切換系統，平時可分別生產疫苗及蛋白質藥物，一旦疫情緊急，需短時間大量生產疫苗時，可啟動轉換程序，將2條生產線同時轉為疫苗生產，以滿足緊急需求。
產能方面，工廠初期規劃疫苗最大年產能為腸病毒疫苗300萬劑及流感疫苗1000萬劑。
基亞疫苗生物製劑公司(簡稱基亞生)表示，工廠的設計兼顧安全性和經濟效益，且符合PICS/GMP規範要求。其中拋棄式生物反應槽的建造成本較傳統反應槽低廉，安全性高並符合經濟效益；生產方式省卻批次間清潔確效的時間與花費，可迅速生產多樣產品，且減低交叉污染風險。
此外，工廠也建置研發/品管試驗室及完善新穎檢驗設備，並自德國購置頂級高速充填設備，以滿足工廠量產後在預充填及針劑的大量充填需求。
基亞生表示，疫苗工廠取得使用執照後，預計2016年啟動工廠認證工作，未來具備研發、製造、品管、檢驗及充填等功能的基亞疫苗廠，將成為亞洲區領先的全功能的生物製劑廠。