周刊報導，屏東縣「共和新村」改建涉有不當註銷原眷戶權益，偽造原眷戶認證簽名及將「慈德五村」納入改建等缺失案。國防部澄清表示，共和新村改建並無不法情事。
國防部指出，國防部在92年12月29日辦理第1階段法定說明會，因部分眷戶有疑慮，因此請列管單位、前空軍三軍防空砲兵部隊訓練中心於93年3月19日公告，並延長認證期限至93年4月19日，此權宜措施並未造成其他眷戶權益損害。雖有部分同意改建申請書是在期限後提出，但基於貫徹眷改條例立法意旨，以及維護共和新村多數眷戶權益推行改建的目的，國防部將其計入同意改建之列，並無違法之實。
而有關監察院調查「共和新村」改建過程延長法院認證時間及公告改變原眷戶總數的計算基準涉有違失部分，國防部指出，該村原眷戶175戶，違反眷舍住用規定計23戶，依行政程序扣除，實際住用眷舍計152戶。
經公告展延後，認證戶數計134戶，已達同意改建法定門檻3/4眷戶同意戶數。國防部已在103年4月17日完成相關說明並陳請行政院函轉監察院備查，並無數據造假也沒有承認違法。
國防部指出，「共和新村」不同意改建戶總計32戶，國防部已於95年5月1日及6月8日分別註銷其眷舍居住憑證暨原眷戶權益，不同意改建戶不服，向行政法院提起行政訴訟，最高行政法院已於99年4月22日判決「上訴駁回」定讞。