縣環保局聯合會同縣府農業處、動植物防疫所至現場進行緊急應變處理，現場環保局除進行水質量測分析及採樣，觀察死魚態樣進行死亡原因研判外，並立即沿河川上游追查可能污染來源。
經現場水質量測部分pH為7.46屬中性正常，溶氧為1.2 mg/L已低於一般水中溶氧屬異常情形。另外進行水質採樣檢測工作檢測項目為：化學需氧量及懸浮固體，檢驗結果需要一周的時間才能完成。另動植物防疫所亦採集水樣進行檢測。
縣環保局人員並沿截水溝巡查上、下游河道範圍並無發現直接之污染源排入，而現場魚群死亡範圍大約3公里，死亡魚種為：烏魚、虱目魚及豆仔魚…等，魚體大小約5-15cm，現場初步研判本次魚體大量死亡案件可能為水體紅藻增生致水體中溶氧不足(1.2 mg/L)，致使水體魚類大量死亡，後續已請台塑企業盡速將死亡魚體撈除避免滋生惡臭影響環境衛生，現場並以移動式水車進行水體換氣增加溶氧，避免水體狀況惡化。
縣環保局也籲請關心居住環境的民眾，若發現水色異常污染或河川及水體異常之情事，請撥報案中心免付費專線0800-556-003通報檢舉，環保局接獲檢舉後將會在最短的時間內派員前往稽查取締，以遏止不當環境污染行為，以維護雲林地區的河川水質。