適逢超級月亮引發大潮加上颱風帶來豪雨，為防範中秋強颱杜鵑造成災害，雲林縣災害應變中心於28日12時一級開設，包括民政、社會、工務、建設、水利、農業、新聞、教育、環保、警察、衛生、後指部、四河局、五河局、42大隊、斗南工務段、台電等相關單位派員進駐，各鄉鎮市公所併同一級開設。同時召集各局處主管於28日14時召開第一次工作會議，會議由指揮官李進勇親自主持。
縣長李進勇表示，強颱杜鵑來襲，適逢超級月亮引力引發大潮加上颱風夾帶雨量，為避免造成災害，應提高警覺加強戒備，依作業程序縣府開設一級災害應變中心，相關單位進入警戒與整備，請民政處與鄉鎮市公所應保持密切聯繫，隨時掌握狀況以維持警戒狀態；各村里長需密切注意山區土石流區、低窪地區、易淹水區域之狀況，應視情況機動知會各公所做好預防性疏散安置，為求人民生命安全，必要時貫徹執行；水利處確實執行水門、抽水站巡視；工務處、水利處與第四河川局等道路及工程相關主管單位，請密切聯繫，於颱風期間一切以安全為重，必要時採取封路、警示、疏導等相關預防措施；最後於下午4時公告27處危險區域；另有鑑於前次蘇迪勒颱風造成維生管線受損，請台電等相關單位預作因應；29日是否上班上課，於28日晚間8時召開工作會議後做出決定（預計9時前發佈停班停課訊息）。
李縣長並於工作會議後一一與山區及沿海鄉鎮長、村里長視訊，瞭解防颱準備狀況、表達關心，也提醒維持警戒，密切注意沿海(山區)、低窪地區、易淹水區域之狀況，機動做好預防性疏散準備，保持聯繫，縣府提供相關協助。
縣長李進勇再度提醒鄉親做好防災準備；其中山區嚴防土石流，沿海低漥地區預防海水倒灌，必要時應配合疏散避難作業，尤其在強風豪雨來襲時，民眾千萬不要前往山區、溪流、海邊工作或遊玩，避免發生危險。