105年度之公費留考受獎生得先攻讀碩士學位(但其間不領公費)，之後攻讀博士學位(開始核發公費)；亦可攻讀部分國家之MPhil學程(限定為通過第一年成績合格後，即直升博士班二年級之類別，採個案認定)。又為維護弱勢學生權益，凡勵學優秀公費留學、原住民公費留學及身心障礙公費留學三類特殊身分受獎生，仍維持得攻讀碩士或博士學位。
現行公費留考制度可選擇赴國外攻讀碩士及博士學位，惟依據統計，近10年公費受獎生攻讀碩士比例達46%。目前教育部「留學獎學金」、「尖端科技人才培育獎學金」以及與8所世界百大學校合作設置的「共資共名獎學金」皆以補助攻讀博士學位為主；為集中資源培育高階人才，教育部公費留考自105年起進行變革，未來有意赴國外攻讀碩士者，仍可申請留學貸款以緩解經濟壓力，或透過國內與國外大學共設的雙聯學位機制赴國外留學。
105年公費留學考試另一項變革為應考學門的調整。為與國際育才潮流接軌，將參考先進國家針對未來趨勢育才的新興領域，選擇性納入公費留考應考學門；並配合教育部尖端科技人才培育獎學金3年期（102年-104年）計畫期滿，部分尖端研究領域也將納入105年公費留考應考學門。有關105年公費留學考試變革事項將同步公布於教育部部國際及兩岸教育司網站；實際細節內容，悉以105年公費留學考試簡章規定（將於105年6月底公告）為準。