為了明年新竹市立委選舉，時代力量頻頻將矛頭對準民進黨立法院黨團總召柯建銘，對此，律師呂秋遠說，要講王金平與柯建銘利用黑箱機制牟利，請提出證據來，一件就好。「如果很會處理議事與資深制，現在也成為一種錯，這也是民主國家的特殊現象呢！」
呂秋遠在臉書發文指出，他一直覺得，時代力量主張修正立法院職權行使法，把黨團協商事項限於「程序性事項」，實質事項以後都必須由委員會與院會審議討論，不得協商，是一件很詭異的事情。
他認為，廢除立法院的政黨協商，應該是國民黨與民進黨的主張，怎麼樣都不該是時代力量，因為他們現在還是小黨。就算民調認為，他們的支持度已經超越親民黨，他們還是小黨。
在單一選區多數決之下，所有的第三黨，都會「很倒楣的」成為微不足道的小黨。因為即便有一定的選票，在現行的選舉制度，也沒辦法過半拿到席次，只有大黨辦得到，何況即便是民進黨「這種大黨」，也曾經在2008年最落魄的時候，因為這種選舉制度，只拿到27席，連在立法院聲請釋憲的門檻都跨不過，而那一年，國民黨拿到81席。時代力量的政見，應該鎖定在更改選舉制度，以及擴充立委名額，至少要更改成聯立制，也就是政黨票決定總席次，而不是只能決定不分區。
呂秋遠說，改成這種選舉制度以後，至少小黨的多元民意，比較有機會可以充分的在立法院展現，現在的並立制，只會讓大黨囊括大部分的席次，他們的政見裡，對這個問題隻字不提。
呂秋遠說，黨團協商，可以讓小黨在立法院裡有發聲的機會，用部分的讓步，換取自己支持者的利益，然而現在主張只有程序事項可以協商，法案實質內容都不能協商，這樣的協商有什麼用處？小黨以後豈不是任大黨宰割，委員會與院會多數，就可以直接表決，以過半的票數決定他們的未來，而小黨的主張根本無法被重視，這樣的未來是他們要的嗎？
呂秋遠認為，政黨協商有幾個問題要檢討：首先是透明度不足。雖然立法院職權行使法規定，要全程錄影錄音，但是都沒有依法處理，這部分是應該努力的方向。而且如果不涉及國防或外交等機密事項，也應該要容許人民向政府申請資訊公開。
其次是委員會被架空的問題。現在的立法程序，只有委員會與政黨協商是重點，但是政黨協商卻經常推翻委員會的決議，確實有需要改進的地方。或許是因為如此，現行的委員會只能空有專業之名，但無專業之實。我們沒有建立資深制，由學有專精的立委固守在固定委員會，甚至是由專業的立委當召集委員。「講難聽點，我們太高估現在的委員會了，他們做出的決議，被架空也是剛好而已，要說政黨協商架空委員會，不如說現在的委員會有沒有值得尊敬的地方，為什麼輕易的就可以被架空？」
不要把委員會想得太神聖，姑且不論我們的立法院根本不尊重專業與資深立委，有些民主國家還根本就是忽略委員會，例如英國就是採取院會中心主義，委員會只是聊備一格。
其三就是政黨協商本身的問題。目前的政黨協商，竟然容許「三人組成」的黨團與「五十人組成」的黨團平起平坐，擁有同等的否決權。換句話說，現行的制度設計，其實非常尊重小黨，但小黨的主張如果與現實差距太大，法案就沒辦法通過。而政黨協商的代表有些自己有利益衝突、也容許政黨指派的委員隨意進出，有時候快完成協商的時候，新來的委員天外飛來一筆，就要重來一遍，這也是問題。
呂秋遠說，除此之外呢？說真的，政黨協商還真是救了2008年的民進黨一命。如果不是這個機制，民進黨當時是27席，國民黨則有81席，立法院總席次也才113席，什麼事情不能發生？表決就好了！國民黨可以公開、透明的透過委員會與院會多數表決，合法的把所有他們想要的法案通過。那時候可沒有太陽花學運，就算有，難道每天都要衝撞立法院？不然就人民公審，把立法院廢除如何？
2008年起，第四屆監察院名單，有四個被提名人沒有通過、99年中央政府總預算竟然在臨時會才通過、美牛進口爭議案，透過政黨協商才修法禁止特定部位進口、國民黨想要透過修正地方制度法全面洗牌地方版圖，也是透過政黨協商才有現在的情況、產業創新條例草案為大財團背書，國民黨想表決，也是透過政黨協商擋下來。
究竟，反對政黨協商的人，知不知道主導協商有多困難，而對於反對勢力有多重要？
呂秋遠說，協商，一定有交換，除非有人強調，民主政治就「只是」少數服從多數，不用多數尊重少數。除非，有人強調，如果換我們多數，就應該廢除政黨協商，不用讓步，只要讓小黨以後出不了聲音，直接訴諸表決壓倒這些人就好。
不然，哪裡來的奇特主張，認為協商的人就是喬王，協商機制就叫分贓？呂秋遠說，「我再講一遍，我們可以說王金平與柯建銘很會處理協商機制，所有立委只相信他們兩人的公信力，人治的色彩太濃，可能對於民主政治會有負面影響。但是，要講王金平與柯建銘利用黑箱機制牟利，請提出證據來，一件就好。如果很會處理議事與資深制，現在也成為一種錯，這也是民主國家的特殊現象呢！」
呂秋遠也說，「還有，人家讓你安全下莊，而且成就名聲，不一定要感謝人家，但是也請不要抹黑人家。堂堂正正的提出政策主張，打一仗就好。」