登革熱疫情延燒，也再度燒出外界對於國家防疫基金的討論。疾管署署長郭旭崧23日指出，過去10年疾管署相關的防疫經費的確年年縮減。這兩年為了登革熱疫情，也都動用了行政院第二預備金防疫，他認為中央研究院過去提出，成立國家防疫基金的建議，必須考慮。
中研院副院長陳建仁說，4年前中研院多位院士與相關專家，曾經提出新興傳染病政策建議書，當中建議政府籌措新台幣200到300億成立國家防疫基金，從學術研究、防疫政策、與產業發展3方著手，建構防疫體系，防患於未然。
陳建仁說，國家防疫基金4年前就該成立，但當年政策建議書提出後就沒有下文，希望政府現在審慎思考。陳建仁說：『(原音)沒有火燒的話，消防隊好像都不太有用。政府一定要有一個想法，以備不時之需，這個事情行政院、主計總處都要了解這個基金實質的必要性，才不會捉襟見肘。』
今年西非依波拉疫情爆發，造成慘重傷亡，世界衛生組織也做出應該成立全球防疫基金的結論。郭旭崧也說，面對新興傳染病的壓力，政府應該在平常防治多做點功夫，能夠花小錢省大錢才是防疫的正確思維。