陸委會表示，大陸全面啟用卡式台胞證的訊息，陸方有關部門在事前就已透過雙方既有聯繫管道通知我方，陸委會事先有所掌握，且數次透過既有管道與陸方進行溝通。行政院長毛治國針對陸方推動卡式證件，以及我方與陸方溝通、互動的整體過程都有所掌握，只是沒有確認21日為全面啟用卡式證件的時點。
陸委會指出，陸方推動實施卡式證件，源自於長期在大陸地區就學或工作的台生、台商，基於日常生活便利需求的建議，但是陸方在推動這件事情時，全面性擴及所有台灣民眾，導致一般民眾產生陸方有無藉機蒐集個資、指紋等隱私資料或監控個人行蹤等各項疑慮，陸委會認為大陸的做法欠缺完善思考及周延配套，也沒有與我方進行良好的溝通，做法上不尊重我方，傷害台灣民眾的感情，我方已多次表達不滿。
陸委會說，卡式證件申辦程序及相關具體執行細節，因為台灣一般民眾產生相關的疑慮，已向陸方多次提出，促請陸方能夠盡快對外澄清卡式證件唯一用途為旅行證件，以化解外界疑慮。
陸委會再次呼籲陸方，有關兩岸人民往來重大措施的調整，應透過兩岸制度化的聯繫機制，強化事先的溝通，以化解不必要的疑慮；未來政府也將繼續關注及瞭解陸方後續的具體執行細節，以保障國人權益。
陸委會強調，政府依據中華民國憲法所主張的兩岸關係定位，以及維持現狀的民意趨勢與政策立場，絕不會因為大陸任何單方作為而有所改變，陸方也應積極正視中華民國存在的現實。