iPhone 6s 與 6s Plus 的螢幕一如傳言加入了類似 Apple Watch 的 Force Touch 功能，只不過在iPhone 6s / 6s Plus 功能更進化，蘋果給它取了另一個名字叫做「3D Touch」。在訊息中按住圖片，圖片即可放大預覽，將手指放開就會恢復原本的介面；往下按住郵件 App 的圖示，會出現快速選單。
3D Touch 與傳統 Multitouch 多點觸控不一樣的地方在於，觸控螢幕可感知使用者按下螢幕的力道大小，並且做出對應的回應功能。因為新的 3D Touch 螢幕有感壓能力，因此在繪圖時，即使用手指畫畫也可以用到感壓繪圖，讓畫出來的圖案更生動。
在新的 iPhone 6s / 6s Plus 中，使用者可以在郵件清單中按住任一封信件，系統就會顯示此郵件的預覽，讓使用者無須開啟信件就可以預先看到內容；而在預覽畫面中再往下壓即可開啟信件。甚至其他人傳一個網頁連結過來，只要往下按住這個連結，就可以先預先瀏覽一下頁面，想要仔細看的話，按重一點就可以打開這個網頁。
而在預覽畫面中，還可以往左滑或往右滑直接做出不同動作，例如郵件預覽畫面往左滑，即可刪除郵件、往左滑則是標示成未閱讀，向上滑可取用一些進階的動作。讓使用者能更輕鬆有效率的「滑」手機。
在螢幕部分，iPhone 6s / 6s Plus 依舊採用 4.7吋 / 5.5 吋 Retina 視網膜螢幕的設定，螢幕解析度也與上一代相同（iPhone 6s：1334 x 750、iPhone 6sPlus：1920 x 1080）。
另外，iOS 上面的許多應用程式可以支援 3D Touch 的「Pop」功能，用戶只要在 App 的圖示上往下按住，系統即會出現快速選單，讓用戶可快速選取一些常用功能，比方說快速自拍、或是上傳圖片到Facebook等等。