中央應否成立防疫指揮中心，引起前疾病管制局長蘇益仁的關切。郭旭崧今天回應，如果中央和地方溝通不良、台南提出要求、疫情失控，就會成立指揮中心。
郭旭崧表示，中央與地方透過會議讓溝通管道暢通，台南市長賴清德已提出要求中央協助的地方，包括資源、人力及經費，行政院也動用第二預備金因應，「指揮中心有沒有成立不是問題，重要的是溝通。」
「新一代運作體系強調溝通與協調」，他說，成立指揮中心勞師動眾，溝通、防疫並不會因指揮中心成立才開始協調，平常就要有協調機制，協調得好最重要。
郭旭崧說，需要中央成立指揮中的幾個時間點，第一在於台南市做不下去，無法控制疫情，主動向行政院提出中央接管的要求；第二是溝通協調出問題時，向行政院要求就能成立；第三是疫情發展超過想像，無法在短時間內控制，由中央評估後決定。
疾病管制署上午舉辦記者會，郭旭崧親自說明登革熱疫情及相關作為。
郭旭崧談到，現今聚焦在登革熱疫情，但台灣各地還有其他法定傳染病要監測及關注，盼不要將防疫政治化，讓專業人員盡力防疫。
台灣過去10多年面對國際疫情或本土疫情失控，都會成立「中央流行疫情指揮中心」，疾管署檢討結果發現，動不動成立指揮中心，替地方政府做地方該做的事，不是中央和地方很好的分工，地方也不會因此成長。
他補充說明，早在今年4月24日就召開登革熱疫情的中央疫情協調會報，成員包括疾管署及環保署，當時就有提出因應步驟。8月6日他親自參加台南指揮中心會議，9月4日行政院也到疾管署召開協調會報。