自今年5月以來，登革熱本土病例數已破4000例，蘇益仁說，今年台南的狀況，若到11月高峰期，病例數可能會突破1萬例。
他說，登革熱疫情隨著全球暖化，台灣的疫情期變長將是趨勢。目前台灣登革熱疫情都是3月左右開始，從東南亞國家境外移入，到了冬天病媒蚊就會死掉，但因氣候變遷，登革熱可能像東南亞一樣「本土化」，會讓登革熱更難控制。
蘇益仁表示，防疫只靠地方不夠，中央在防治登革熱應該扮演主導角色，更主動進行人力、物力、財力的調度，成立指揮中心，主導像是抗藥性、病媒蚊密度監測等工作，且把氣候、交通變遷也納入防疫政策考量，重新修正防疫規格。
疾管署發布新聞稿表示，今年4月24日疾管署協同中央跨部會與地方縣市共同召開首次「登革熱流行疫情處理協調會報」，提醒各縣市政府提前動員防治工作。
南台灣入夏發生登革熱病例後，疾管署也立即投入稽查大隊至各縣市進行登革熱防治工作，並且將台南市列為重點協助對象，共同召開擴大協調會報，定期參加該市登革熱指揮中心會議，已掌握疫情狀況，適時提供必要協助，包括協調國防部支援人力、提供滅蚊熱煙霧噴機、4000劑登革熱快篩試劑、成立「登革熱醫療支援隊」、召開「登革熱疑似死亡病例審查」。
疾管署表示，衛生福利部提供公衛及醫療各方資源及協助，期望疫情在各方努力合作下，及早獲得控制。中央單位對台南市疫情已積極介入，有關氣候問題，今年在高雄成立登革熱防治研究中心對此也會做政策調整。