行政院長毛治國3日在行政院會表示，全球登革熱疫情都比往年嚴重，台灣氣候高溫多雨、病毒樣態與過去不同，都增加防治工作困難；他指示衛福部、環保署和國防部等單位，擴大動員協助地方政府防疫，盡早阻斷疫情。
毛治國表示，衛福部與環保署4日將召開登革熱流行疫情處理協調會報，他要求妥為規劃，做為地方政府防疫後盾。行政院發言人孫立群轉述說：『(原音)本週五將召開登革熱流行疫情處理協調會報，請主管機關環保署與衛福部妥為規劃，為通盤防疫做好跨部會檢討，採取必要措施，做為地方政府後盾。』
衛福部1日申請動支第二預備金新台幣3千萬元，協助台南市防治登革熱，毛揆也指示主計總處盡快辦理。
衛福部長蔣丙煌在行政院會後記者會表示，連日下雨，加上氣溫適合孑孓生長，登革熱疫情比往年嚴重，他希望透過跨部會協調規劃，能使疫情在幾週內反轉；他指出，依照往年經驗，登革熱疫情應該會持續到年底。