全案緣於最高檢察署特偵組偵辦扁案後，為追查公文佚失，曾搜索邱義仁的住家，在他家中查扣多份文件，其中放在書桌抽屜的一紙袋內，含有多份文件，其中一件為與鐽震案有關的軍事機密文件，因此案件移由有管轄權的台灣高檢署偵辦。
檢察官調查期間，邱義仁表示，未密封的紙袋上頭印著「請呈行政院副院長邱義仁
署名（時任國防部長）蔡明憲」，可能是蔡明憲來看（已卸任）他時給的。台高檢認定蔡、邱觸犯國家機密保護法等罪嫌，去年8月起訴。
高院開庭期間，邱義仁說自己可能記錯，不確定是否真是蔡明憲交付這11張的「密件」；蔡明憲表示，他不知道這份「密件」怎來的，因為當時他是國防部長，為了鐽震案製作調查報告400多張，製作三份交給時任的行政院院長、副院長（邱義仁）以及立法院長，之前去看邱義仁時，只帶吃的東西，沒帶任何文件，蔡明憲的隨扈也作證，當時是中午，只有帶著麵及小菜。
高院合議庭認定，本案沒有證據證明蔡明憲在邱義仁卸任後故意交付這11張「密件」，這「密件」並非完整的鐽震案調查報告(400多張)，且紙袋沒有密封，裡頭又夾雜其他文件，因此判兩人無罪。全案可上訴。