文化部表示，聯合國已開始推動水下寶藏保護公約，台灣鄰近國家越南、泰國、中國也已進行所屬海域水下考古發掘，因此須立法規範，才能保護水下文化資產。
依據草案，包括海底船舶、飛機、人類遺骸、器物、建築物等與人類生存有關的資產都是保護對象，文化部可進行普查，或接受個人、團體通報疑似水下文化資產的內容和範圍，經審查確認後，予以列冊管理。未來政府機關、公營事業進行水域開發前，例如鋪設海底電纜、管道或海洋研究調查等，必須先調查所涉水域有無水下文化資產；同時，一旦發現疑似水下文化資產時，就要停止開發行動，通報主管機關文化部，避免水下文化資產遭到破壞。
草案也訂定罰則，意圖竊取、竊占、毀損水下文化資產，或明知為水下文化資產未經核准發掘，或非法運出國外等，將處以5年以下徒刑，20萬元以上到1千萬元以下罰金。