不過經濟部也埋下伏筆並強調，按照食品安全檢驗與動植物防疫檢疫（SPS）協定，若各國有自己考量，若有科學證據可採取更嚴格標準；外界解讀此舉可能是在為難解美豬、美牛進口問題尋求解套。
行政院今天召開國際經貿策略小組第13次會議暨TPP/RCEP專案小組第9次會議，由副院長張善政主持，首度公開加入TPP自由化落差盤點結果，主要以高標準的美韓自由貿易協定（FTA）為基礎，針對農業與食品安全、工業產品、服務業與投資、政府採購、法規與制度面，預計11月將再開會討論。
由於台灣約71%農產品稅項仍有關稅，平均關稅約16%，並對稻米、香菇、花生、液態乳等農產品實施關稅配額或特別防衛措施，報告中提及，台灣加入TPP必須進一步削減農產品關稅及放寬非關稅措施，目前相關單位已規劃產業因應措施。
政府目前也已建立蔬果農藥殘留量（MRL）標準快軌審查機制，申請人只要能提交完整的農藥清單及資料，便可儘速完成訂定MRL。
針對敏感含萊克多巴胺的美豬及美牛進口問題，經濟部國際貿易局長楊珍妮表示，目前不會處理美豬、美牛問題，但她強調未來將以科學證據並參考國際規範處理農產品進口管理。
由於台灣吃豬肉的習慣與美國並不同，楊珍妮指出，依照SPS協定，若國家有自己考量，必須要提出科學證據佐證為什麼要採取較嚴苛的標準。
除了農產品之外，根據報告指出，目前台灣工業產品平均關稅約4.5%，而汽車整車及機車關稅仍接近20%重電、家電、加工食品、紡織下游成衣等產業恐面臨開放影響。
針對推動貿易自由化與其他國洽簽FTA可能受影響或損害產業，政府先前曾匡列982億元的經費，楊珍妮表示，未來計畫訂定專法，若產業因自由化而受損害達某一標準時，個人將可申請收入補助。