5月初，中央發布金門牛隻染A型口蹄疫，並撲殺牛隻。國民黨金門縣黨部主委林芳旋表示，3個月來養牛戶仍未獲得撲殺補償金；他面報中央黨部秘書長李四川，經李四川連夜協調催促農委會，賠償金已在主計總處，近期內將撥款到縣府，由縣府發送地區養牛業者。
至於業者損失部分，包括養牛業者、偶蹄類養殖業者及特產業者因此案造成的損失，縣黨部表示，也將透過黨政平台持續關注、追蹤，爭取中央協調支持。
林芳旋說，地區業者向他抱怨，養牛業者因口蹄疫受移動管制失去台灣市場造成的損失，以及偶蹄類養殖業者應比照彰化縣因禽流感管制期間蛋品損壞處理及補償，積極爭取農委會比照辦理。
有關特產業者造成的品牌與管制期間損失，縣黨部也向農委會、經濟部協調，要求賠償並促銷推介。
此外，5月8日金門牛疑似染A型口蹄疫，農委會家畜衛生試驗所將這頭牛隻檢體疫送交英國口蹄疫世界參考實驗室（WRL）複檢，5月底晚間結果出爐，未自咽喉檢出病毒及核酸；但本年金門牛隻A型口蹄疫疫情，經畜衛所依標準診斷流程並以PCR方法檢出A型口蹄疫病毒核酸。
業者質疑，同樣是農委會送的檢體，英國口蹄疫權威機構說未檢出，為何會有病毒落差？要求農委會繼續追蹤，還給金門一個清白。
林芳旋表示，金門牛隻口蹄疫案，獲縣議會議長洪麗萍、副議長謝東龍、國民黨黨團書記長李誠智、黨籍議員及立委提名人楊鎮浯等人高度關心，立委楊應雄也在立法院追蹤管制。