行政院內政部已於104年7月14日對臺南市議會民進黨團行文就「對臺南市議會議事規則第23條第一項但書規定釋疑」案函覆說明:市議會議事規則第23條第一項但書與地方制度法及地方立法機關組織準則規定無違。另又舉參照司法院釋字第342號及地499號解釋「民意機關行使立法權之程序,於不牴觸憲法範圍內,得依其自行訂定之議事規範為之,議事規範…行政機關應予以尊重」。
在監察院已對賴清德市長提出彈劾之時,身為十三職等資深公務員公然下達違法指示,令法界人士大大驚奇,何以身為市府最高事務官竟然如此豪賭公務人員清譽,將來勢必會加深府會鴻溝而無解。
蔡育輝指出:賴清德市長堅持不進李全教議長擔任主席的市議會,卻同意市府各局處長依法出席臺南市議會本屆第一次定期大會做工作報告,當議會各小組委員會分組審議攸關民生、建設等提案時,今天陳美伶以市府秘書長之尊,越級做出「賴清德市長也沒反對官員列席的委員會審議」決定,若將來被認定「違法」陳美伶秘書長將面臨不可預知的官司糾纏,蔡育輝議員呼籲陳美伶秘書長不可不慎啊!