馬總統2008年5月就任總統，同年7月在台大醫院進行上任後首次健檢，不過當時因卡玫基颱風造成中南部豪雨成災，馬總統縮短健檢行程，前往災區勘災。
上任第2年，馬總統2009年10月捨台大醫院，選擇到台北榮總健檢，2010年到三軍總醫院，2011年則在台北馬偕醫院健檢。
2012年馬總統離開台北，選擇到桃園長庚紀念醫院健康檢查，2013年則到台北醫學大學萬芳醫學中心，今年南下台中，到中國醫藥大學附設醫院健檢。
府方人士說，過去有人建議馬總統應該固定在同一家醫院健檢，有一致性的研究報告比較好，但馬總統相信每家醫院都有很好的服務水準，藉由每年到不同家醫院健檢，可以了解各家醫院的狀況，親身體驗。