反課綱微調學生衝進教育部，不僅有33名學生遭警逮捕，教育部長吳思華還堅持對學生提告，台北市長柯文哲昨在臉書上稱抗議學生有勇氣，媒體今（25）日詢問柯文哲，學生進入教育部抗議的舉動，是否真的認為有勇氣？柯文哲說，這是意識型態的問題 。他先前說過，教育部搞課綱微調，本身就充滿政治意味；民進黨執政的13個縣市長的舉動，也充滿政治意味，讓他很為難，不曉得怎麼處理。後來，台北市儘量保持中立，授權每個學校自己決定要用新或舊課綱。
記者追問，昨晚為何要道歉？柯文哲嘆了一口氣表示，課綱是兩極意識形態，教育部修改課綱，本身就是挑起意識形態，當民進黨13位縣市長連署時，他也很為難。他認為，在這種兩極對抗的狀態下，要保持中立也滿辛苦。
記者再問，訂定新的SOP後，若還有像教育部這樣遭受陳抗的機關對記者提告，警方是否仍會依法逮捕？柯文哲回應，教育部長當然有權利告這些人，但是否不要用這種方式來彰顯？他認為這不是好的教育方式。柯文哲說，他當然建議教育部長吳思華撤告，但他也是打手、沒辦法。
最後，記者再度詢問柯文哲，是否認為學生的行動妥適？他回答，他也不很贊成，但是這個事情就跟太陽花學運一樣，他也不知道到底對不對。他說，「當一個國家不正常的時候，每個人要作正常的事也是不容易」。