反對課綱微調的學生與民眾日前入侵教育部遭台北市警局逮捕，台北市長柯文哲25日在出席亞洲柔道公開賽開幕典禮後受訪表示，「台北市政府沒有什麼疏失」，因為當天是學生突然衝進教育部，教育部報案控告有人侵入公所，所以警方才以犯罪現場的現行犯處理；柯文哲認為，以後將制定這類緊急事件的標準作業流程，北市府會與警政署講好規則，不要讓這些基層人員扛責任。
關於課綱微調爭議，柯文哲指出，「這是意識形態的問題」，台北市政府選擇中立，他說：『(原音)教育部去搞課綱微調，本身就是充滿政治意味，民進黨13個縣市長(聯合聲明)也是充滿政治意味，我就很為難、不曉得怎麼處理，不過台北市選了一個、儘量保持中立的做法，我就說每個學校自己的選課委員會自己去決定。』
柯文哲表示，不是很贊成學生的行為，但「當一個國家不正常時，每個人要做正常的事也是不容易」，所以他也希望教育部長吳思華不要提告，柯文哲說：『(原音)教育部長當然是有權利要告這些人，但是不是不要用這種方式來彰顯、我覺得這不是好的教育，我會建議他撤告，但是、反正、不過他也是打手啊，他也沒辦法啊。』
媒體追問「打手」說法，柯文哲趕緊回答「我又失言了」，希望大家別再問下去；柯文哲接下來繼續回應世大運舉辦場地，以及使用即時通訊軟體通知市民淹水訊息等問題之後才離開現場。