高教工會指出，教育部草擬的「高教創新轉型條例」沒有朝向高等教育「公共化」的目標，草案中提到試辦創新學校為鼓勵師生創業並協助產業創新，得以人員借調、資金投資、技術入股等方式，透過創新計畫推動衍生企業，參與經營，並可向主管機關申請校地提供給校外合作對象進駐或辦理公司登記，作為新創事業的場域，這樣的條文等於是開放高等教育可大幅興辦衍生企業，將混淆大學原有的非營利定位，況且許多大學校地都是國有財產，如此隨意出租，將會圖利企業。
對此，教育部高教司副司長朱俊彰強調，學校的合作對象或企業必須連結教學研究的本質，或是為協助老師發揮所長而創業，不是純粹當個房東。朱俊彰：『(原音)進駐是為了我們學生的實習，讓學生更有實務能力，讓老師的教學跟課程可以跟業界相契合，我們希望的是企業進駐或辦理公司登記是為了這個事情。』
對於高教工會質疑草案中為何還明定私立學校退場時，學校法人得提供學校創辦人和現任董事慰助金，形同將校產轉至私人手中，朱俊彰則回應表示，必須將將學校可能有的欠資等財務情況處理完畢，並發給教職員優退慰助金後，學校創辦人和現任董事才能領取慰助金，教職員應有的權益將不受影響。