總統府表示，針對6月27日晚間八仙樂園粉塵爆燃不幸事件，馬總統下午於總統府召開國安高層會議，會議由行政院長毛治國率衛福部、內政部、國防部、陸委會、教育部、退輔會、交通部、外交部、災防辦公室等相關部會首長參加，另也邀請新北市長朱立倫與會，就本次事件應變處置流程、醫療資源調度情形、傷患權益保障及關懷照護等議題進行討論。
馬總統會中裁示政府4項處理原則，「救人第一、不計代價」，所有救人所需將不計代價；「一人一案、長期陪伴」，成立基金會，長期陪伴；「統合統整、群策群力」，結合中央地方，政府與民間；「追究責任、檢討原因」，改善一定貫徹，責任追究到底。
馬總統並表示，政府會提供「全人、全程、全力」的「三全」最完善照顧。「全人」是指身體醫療與心理輔導雙重管道的全人照顧，「全程」則是包括醫療、復健、心理輔導、與未來就學與就業的全程照顧，「全力」是指政府會不計代價救人，結合中央地方民間，並成立基金會以長期陪伴。
至於會中討論境外醫護人員來台時，馬總統也特別強調，歡迎境外醫護人員來台協助，政府絕對不會不近人情，法律有分常態與例外，尤其現在是非常時期，面對的是特殊狀況，馬總統責成衛福部與醫界立即研議，在不違反法令範圍內，在實務上可行的具體作法。
衛福部長蔣丙煌報告當前政府因處作為時表示，內政部消防署第一時間接獲新北市政府通報後，立即啟動緊急應變機制，結合行政院災防辦、國搜中心及衛福部共同運作，調度軍警消、衛生單位與民間團體，出動救災人員1235人、救護車144輛及其他車輛143輛，派遣刑事及鑑識人員協助災區蒐證、鑑識工作。衛福部與EOC立即啟動大量傷病患機制，調度台北市、新北市、基隆市、桃園市所轄急救責任醫院，及其燒傷病房與加護病房全面整備收治。
行政院6月28日召開緊急應變會議並成立專案小組，由副院長擔任召集人，至今召開3次專案會議。專案小組組織包括醫療及物資組、關懷照護組、權益保障組與專家顧問團，並規劃成立基金會進行長期關懷照顧。
在醫療資源調度上，衛福部建立醫護支援人力媒介平台，每天匯整各醫院人力需求與可支援各醫事人員數量，並簡化支援人力流程，採直接送交衛生局備查。大體皮膚目前購入24萬7000平方公分，未來1週內將再購入40萬平方公分，並持續蒐集符合規範之大體皮膚並進行採購。
健保署對此次事件之健保給付醫療費用，將不列入健保總額從寬辦理。自6月27日至9月30日止健保不給付之自費醫療費用，不向病人收費，由健保費先行墊付。行政院必要時將動用第二預備金，要讓病人與醫院不用擔心錢的問題。
由於此次事件有262位學生受傷，教育部將與新北市合作建立「攜手陪伴計劃」，針對每位同學建立復健計劃，各校建立專責聯絡窗口，掌握每位學生所需事項，每所醫院指派教官負責聯繫，提供家屬必要協助。
在勞工權益保障上，勞動部將採取「從寬、從簡、從速」原則，參加勞保者如係執行職務，將認定為職業災害。勞動部並籲請雇主在請假程序上能彈性、包容、從寬處理。
交通部將與新北市政府組織求償團隊，準備團體訴訟，取得假扣押裁定，將責由八仙樂園負起責任，不足部分亦應依法負賠償責任。內政部將針對可燃性微細粉末擬定管理辦法，禁止噴放行為。交通部也將修正觀光遊樂業管理規則，提高裁罰額度及合理調高投保金額，研議增訂自辦或分割出租舉辦大型活動之規範，並擴大聯合稽察。
朱立倫在會中表示，針對未來各界捐款，新北市府將以公開、透明方式進行整體運用，他要求行政院持續加強所有醫護資源的統籌調度，以便將人力、物力做最好、最快速分配，並強調地方將會與中央配合，全力持續來照顧傷患與家屬。
毛治國會中對各部會報告進行具體任務指示，並要求研擬未來加強社會關懷支持系統，以確實幫助傷患健康回到社會。