公平會重罰9家民營電廠的案子，先是遭行政院訴願會撤銷罰鍰，台北高等行政法院又撤銷公平會處分，一度被外界質疑「玩假的？」不過，在向最高行政法院提起上訴後，終於獲得最高行政法院判決支持，認為公平會上訴有理由，將全案發回台北高等行政法院重行審理。
公平會在2013年3月間以9家民營電廠的聯合行為違反公平交易法，對9家民營電廠處以高達63.2億元的重罰，9家民營電廠不服處分，第一次提起訴願，行政院在2013年9月12日訴願決定撤銷罰鍰部分，其餘部分訴願駁回。也就是說，行政院認定9家民營電廠聯合行為屬實，但因聯合行為期間跨越公平交易法提高罰鍰上限規定的新、舊法前後，因而撤銷罰鍰部分。
公平會考量民營電廠均已與台電公司完成換文修約等情狀，在2013年11月13日委員會議將罰鍰處分金額調降至60.5億元，不過，9家民營電廠仍不服，再度提起訴願，行政院仍撤銷原處分，公平會因而在2014年7月重為適法處分，罰鍰總金額再調降為60億700萬元。
9家IPP仍不服，改打行政訴訟，台北高等行政法院判決公平會敗訴，2014年11月間公平會提起上訴，近日獲得最高行政法院判決支持，認為公平會上訴有理由，將全案發回台北高等行政法院重行審理。
公平會今（1）日對最高行政法院判決結果表示欣慰，未來在訴訟過程中仍將持續努力，爭取最終勝訴，以維護公平會的執法公信力，並為市場競爭及消費者利益把關。 公平會指出，台北高等行政法院先前判決公平會敗訴的主要理由，是認為聯合行為的主體必須要是有競爭關係的事業，法院認為IPP彼此間沒有競爭關係，也沒有發電市場的存在，IPP與台電公司簽約後即依契約機制，沒有市場機制可言，所以不符合聯合行為的要件。 不過，最高行政法院認為，購售電合約得經雙方會商檢討修正，且IPP的交易相對人同為台電公司，台電公司得跨區調度電力、又得在非保證時段依經濟調度原則選擇向費率較低的IPP購電，因此對原審判決所持沒有發電市場跟競爭關係的看法，有所存疑。
最高行政法院判決理由也表示IPP有在協進會組織中協議共同拒絕修約的嫌疑，因此關於聯合行為的其他要件，像是有無合意之存在、對市場功能有無影響等，也應調查釐清，因此將原審判決撤銷，發回審理。