台灣與菲律賓之間不時傳出漁船捕魚糾紛以及海域主權爭議，政府正與菲國洽簽台菲漁業協定。
海巡署長王崇儀1日接受中央廣播電台專訪時表示，台灣與菲律賓的專屬經濟海域重疊範圍廣，菲律賓認為領海基線以外24海里到領海之間的臨接區也是領海範圍，且菲國國內法也片面做此解釋，違反「國際海洋法公約」的規定。
王崇儀表示，台、菲對此有歧見，需要時間化解，但目前看來，台菲漁業協定是「往好的方向發展」。他說：『(原音)如果是依據他24海里的主張的話，我們政府漁船作業南界線就變成他的領海，這是我們不能容忍的，明進財6號最主要的爭點就在這裡。雙方就是就這個問題還有歧見，當然這個要化解，這個如果不化解，雙方不能夠理智克制、各退一步的話，這個協定要簽署還有一番周旋，可是我相信應該會有所進展，我們的整個方向是樂觀的。』
王崇儀指出，他日前親自率領高雄艦首航南沙太平島，深夜島嶼上燈火通明，讓他感受到南海各方聲索主權的激烈程度。他表示，中華民國堅持南海U型線以北各島嶼主權的立場寸土不讓，但是依照馬英九總統提出的「南海和平倡議」，主權雖不可分割，各方仍可以用共同開發的方式暫時擱置爭議。