行政院以去年燒傷400多人計算，健保給付約新台幣2億元，這次事件比火災燒傷嚴重，金額一定高於新台幣2億元。衛福部上午與新北市達成共識，傷者家屬不用擔憂醫療費用。
健保署副署長蔡淑鈴說，對於此次事件將以專案方式處理，醫療費用關於健保的部分會透過代位求償制度向保險公司請求支付，而治療的自費醫療費則由新北市政府負責。
蔡淑鈴說，6月27日到30日是治療的72小時關鍵期，這期間產生的自費醫療將由新北市政府負責，而7月1日後的方案，明天上午將由新北市政府及健保署共同公布。
外界認為醫療費由健保支出形同全民買單，對此，健保署企劃組組長張鈺旋說，依健保法的規定，健保署會以專案方式，對肇事行為人與保險公司代位求償。
過去包括高雄市氣爆、新北市新店區氣爆、台北捷運江子翠站傷害事件、海研5號研究船事故都有進行代位求償。