歐盟號稱是全球對食品管制最嚴格的機構，從1990年代開始，就有基因改造作物的相關法令，2003年時還要求食品與飼料中只要基改作物成分占產品0.9%以上，就必須清楚標明「含基改成分」字樣。
歐盟在2003年制訂的這項法規，引來美國、加拿大與阿根廷的不滿，向世界貿易組織（WTO）提起訴訟，認為歐盟針對基改的相關規定有貿易障礙之嫌。不過儘管世貿組織判決歐盟對基改作物申請延遲作法不當，確認歐盟敗訴，但並未認定歐盟對進口基改作物的相關法規違法。
因為嚴格限制基改作物進口，美國農用化學品公司孟山都（Monsanto）在2013年宣布，暫停在歐盟推動種植基改作物的商業開發行為，並撤回對歐盟提出的8種基改作物種植許可。這項宣布被許多主張環保與農民團體視為一大勝利。
目前孟山都僅有1款Mon 810玉米獲得歐盟許可種植，主要在西班牙與葡萄牙等地栽種，栽種數量極小。
但由於歐盟各會員國對基改作物看法不一，歐盟會員國部長會議在去年達成共識，主張在保留歐盟執委會基改作物核准權的前提下，將基改作物的栽種許可權下放給28個會員國，讓各國得以依本國情況自行決定。
由於正值歐盟與美國簽訂跨大西洋貿易及投資夥伴協定（TTIP）的關鍵時刻，這項法規引發關注，擔心它將使美國生產的基改食品大舉入關，帶來安全與健康疑慮。
歐盟執委會主管衛生和食品安全執委安德柳凱提斯（Vytenis Andriukaitis）8日在歐洲議會環境、公共衛生與食品安全委員會（Environment, Public Healthand Food Safety）公聽會上表示，歐盟對基改食品最重視的就是安全，只要稍有安全與健康疑慮，歐盟絕不放行。
但他也指出，各會員國必須負起責任，因為從2003年以來至少67項基改作物進口無法獲得會員國共識，影響歐盟農牧業發展，這顯示歐盟會員國對基改作物的看法相當分歧。既然如此，歐盟決定交由各會員國自主決定，共同承擔責任。