迄今，食藥署核准的基改原料許可證，以基改玉米60張居多，使用範圍遍及貨架上的零嘴、糕餅、早餐穀片、冷藏或冷凍的澱粉食品，其次是基改黃豆20張，下游產品遍及早餐店、市場素料攤商，以及7張的基改棉花、3張的基改油菜。
食藥署指出，考量到棉花可做為棉籽油的原料，油菜是芥花油的來源，業者在今年2月新版「食品安全衛生管理法」實施前後，紛紛提出產品特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等資料，申請基改棉花、基改油菜的查驗登記。
我國對基改食品原料的管理，原則是有許可登記者才能賣，長期以來只核發基改黃豆、基改玉米的許可證；直到7月1日即將實施基改食品標示從嚴規範，耐嘉磷塞、抗蟲及耐除草劑的基改棉花、基改棉花，3到6月紛紛浮上檯面。