財政部說明，為使稅捐稽徵機關對稅務違章案件之裁罰金額或倍數有一客觀之標準可資參考，該部訂有裁罰參考表，並視社會經濟環境變遷及稽徵實務需要，適時檢討。稅捐稽徵法第1條之1第4項規定：「財政部發布之稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表變更時，有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」因該規定就裁罰參考表不利變更時之適用，並未規範，故有釋明的必要，以利徵納雙方遵循。
依上開規定，新修正之裁罰參考表若為「有利」於納稅義務人之變更，始適用於尚未核課確定之案件；若新修正之裁罰參考表係對納稅義務人為「不利」之變更，依上開規定之反面解釋，並考量裁罰參考表實質上亦構成處罰整體法規範之一部，該部爰釋明對於變更前應裁處而未裁處及已裁處尚未確定之罰鍰案件，尚無該變更後(不利)裁罰參考表之適用。
財政部舉例說明如下，裁罰參考表規定某違章漏稅行為於102年12月31日前係按所漏稅額處0.5倍之罰鍰，103年1月1日修正裁罰參考表，改按所漏稅額處1倍之罰鍰，屬裁罰參考表不利之變更。某國稅局於103年6月查獲A公司100年有該違章漏稅行為，該局於裁處時，應依「103年1月1日修正前」裁罰參考表規定，按所漏稅額處0.5倍罰鍰，尚無103年1月1日修正後(即裁處時)裁罰參考表規定，按所漏稅額處1倍罰鍰規定之適用。