為符合國際移植醫學倫理標準，三讀條文的立法說明中也註明，醫師自屍體摘取器官，範圍不包括死刑犯。器官移植相關臨床指引中，也將明訂不使用死刑犯捐贈的器官。
為防止器官買賣，現行條文規定，提供移植的器官應以無償捐贈方式為之。三讀條文則增加對受移植者的規範，規定任何人「提供」或「取得」移植的器官，應以無償方式為之。違者可處1年以上5年以下有期徒刑，得併科新台幣30萬元以上150萬元以下罰金。
且中華民國人民在境外仲介器官移植，或違反無償規定取得、提供移植器官規定，不管犯罪地的法律有無處罰規定，一律都依此法處罰。醫事人員違反前述規定且情節重大者，可以廢止其證書。
鑒於國人出國接受器官移植，恐怕有移植器官來源不明、手術醫院不合格等顧慮。三讀條文規定，病人到中華民國境外接受器官移植後，在國內醫院接受移植後續治療者，應該提供移植器官的類目、所在國家、醫院及醫師等書面資料給醫院；醫院應完成通報。
三讀條文加強醫院器官勸募的責任。原條文規定醫院醫療人員「得」主動向病患家屬勸募，三讀通過條文則改為「應」主動建立勸募機制，向有適合器官捐贈的潛在捐贈者家屬詢問器官捐贈意願。
鑑於國內等待腎臟移植人數向來高居各器官的第一位，為擴大捐贈範圍，修法增定排除條款，腎臟待移植者未能於規定範圍內覓得合適捐贈者時，「得於2組以上待移植者的配偶及受移植者五等親以內之親等範圍，進行組間器官互相配對、交換及捐贈，並施行移植手術」。