韓國MERS疫情級別上調到「嚴重」，衛福部疾病管制署9日晚間政策改急轉彎，對韓國旅遊疫情建議第二級「警示」，從首爾擴及韓國全境，疫情警戒拉高。
華航表示，考量MERS疫情影響，旅客於6月5日前訂購首爾、釜山機票，可於6月12日前全額退費免收手續費，目前影響訂位約1成5，因此規劃調整航班因應。
華航從6月中旬後，原本每週7班的高雄飛首爾暫停飛航至7月底；台中飛首爾仁川機場將由每週7班減為4班；桃園飛首爾仁川機場則機動調整機型，桃園飛釜山由每週14班減為10班；松山機場飛首爾金浦由每週3班減為2班。原本每週42班，共減15班，成為每週27班。
華航指出，自6月4日起，華航已將所有自韓返台的班機，均比照SARS防疫時期的等級，以專用消毒液執行消毒作業。全線航機上並備有從頭到腳的全套個人防護裝備，所有組員都已完成相關防護訓練。
華航強調，航班起降前後都以專業消毒劑，全面進行客艙、座椅、廚房、洗手間及空服用品等環境清潔消毒；另華航已第一時間提供韓國外站同仁N95口罩等防疫措施，針對華航在韓國各大機場各報到櫃台、轉機櫃檯，也都備有口罩及酒精，供旅客視需使用。若發現旅客不適，會立即請駐機場醫院人員前來檢查。
機上旅客若出現呼吸道症狀如發燒及咳嗽等不適情形，將提供口罩配戴，並安排遠離其他旅客的座位；機組人員亦加強個人防護。
長榮航空6月份飛航韓國航班維持每週20班正常航班，不會減班，但將會視旅客人數調整飛航機型及航班。其中高雄飛首爾航線原每週飛航7班，7月1日到31日將調整為每週2班，8月1日到31日調整為每週5班。減少的航班運能，增加至日本及澳門。
此外，立榮航空原訂7月2日開闢台中飛首爾航線，將延至10月25日開航，原運力增加到澳門。
長榮指出，長榮在首爾金浦、仁川機場辦公室均準備體溫計，要求機場同仁上班前量體溫，自主健康管理。同時嚴格執行自韓國返台航機的清潔工作，比照SARS防疫等級辦理，並使用專業消毒劑執行消毒作業。
長榮航空在韓國機場的報到櫃台設置宣導看板，並在登機前以韓語及中文宣導廣播相關MERS症狀，提醒旅客注意是否有發燒、咳嗽、或腹瀉等情，若有相關症狀請其先向長榮同仁聯絡，如必要可請機場醫生看診，也會提供口罩給旅客使用。
若機上有疑似病例，除了通報疾管署等相關單位，發燒旅客會被安排在較獨立座位, 並要求對方戴上口罩；如旅客確認為MERS患者, 將會請該航班組員進行居家隔離。
復興航空表示，興航只飛濟州島，雖非主疫區首爾，但也在第一時間配合民航局6月12日前全額退票免收手續費規定，目前正等待新的指示規定。
興航說，興航在疫情傳出時就已經加強機艙消毒，；目前退旅遊團、退機位的情況，興航還沒有更新資料，主因為濟州是離島，是以團客為主，所以旅客會先向旅行社反映，興航須要等旅行社結算才會知道。