臺北醫學大學自2009年起承辦我國長駐友邦史瓦濟蘭王國醫療團業務，除協助史京政府醫院（Mbabane Government Hospital, MGH）的醫療工作外，亦支援史國其他地區醫院的特殊醫療教學與臨床服務。臺北醫學大學醫療體系一校三院的醫護專家及教授，不定期赴史國與該國衛生部及史京政府醫院合作辦理研討會及教育訓練，藉以建立與史國政府部門及醫院團隊的互信，並共同推動公衛醫療合作。
臺北醫學大學另自2010年起承接駐聖多美普林西比民主共和國醫療團業務，提供駐地醫療院所及門診中心醫療照護及義診服務。臺北醫學大學並於聖國首創遠距醫療視訊會診網路平臺，進行燒燙傷孩童遠距會診，該平臺亦可結合其他專業科別，提供民眾會診服務及醫事人員的教學示範。
臺北醫學大學駐史瓦濟蘭王國及駐聖多美普林西比民主共和國醫療團隊的醫療服務實績，普獲當地政府及民眾的重視與肯定，對提升我國在國際醫療合作領域的角色與能見度卓有貢獻，外交部頒贈「外交之友貢獻獎」，以表達政府對臺北醫學大學長年積極參與國際醫療服務的肯定與感謝。外交部將持續結合民間相關資源，進一步提高援外醫療合作的效能，並深化合作內涵，以善盡國際合作發展夥伴的責任。