艾奎諾三世這次訪問日本，外界認為意在聯合日本，共同強化在南海的安保合作，以對抗在南海勢力持續擴張的中國大陸。
讀賣新聞報導，艾奎諾三世訪問期間，日本政府已承諾今年內將開始向菲律賓出售10艘二手的海上巡邏艦，其中第1批將在今年底前交船；同時，菲律賓也同意，向日本自衛隊開放西南部瀕臨南海的巴拉望島軍事基地。
報導指出，針對在南海的安保合作，艾奎諾三世4日在東京與安倍晉三舉行閉門會議，但日本首相官邸對會議內容閉口不談。
綜合日本媒體報導，菲律賓希望日本能用政府開發援助（ODA）的方式，向菲律賓提供二手的P-3C反潛巡邏機和地面雷達系統。但因日本自己也只有10架P-3C，且日本尚沒有獲得美國最新的P-8A反潛機，菲律賓的要求未能獲得日本支持。
報導指出，艾奎諾三世訪問期間，菲律賓對安倍推動的解禁集體自衛權等新安保政策十分關注。但日本官方人士透露，許多菲律賓政府人士以為，菲國一旦在南海與大陸發生衝突，日本就會「立刻派自衛隊前往」，但日本官員對此「面露難色」。
共同社報導，菲律賓寄望依靠日本、美國的力量，在南海制衡中國，但讓日本頗感為難。