總統並裁示，現階段先由衛生福利部統一指揮，並請行政院密切掌握疫情發展，適時提高指揮層級，特別是台灣與中國大陸、韓國等鄰近國家往來頻密，2014年韓國來台旅遊人數更比前一年成長50%，各單位務須事先做好萬全準備。
總統要求衛福部統一研擬防疫計畫，提前部署及盤點各項防疫資源、檢視現有防疫體系，彌補缺漏，並加強部會間聯繫協調合作，展開各項演練，做好充分準備。
總統也指示行政院強化國際合作，並提出3月與美國合作成立的亞太區域「伊波拉防疫訓練中心」，以及6月才簽署的台美「合球合作暨訓練架構」，政院可藉此再就MERS議題加強國際合作，以善盡台灣做為人道援助提供者的角色。
總統表示，「料敵從寬、禦敵從嚴」永遠是防疫的鐵律，即便現在台灣尚無疫情，但相關部會都應特別提高警覺，加強防疫，以維護全體民眾健康。