台北地檢署指出，全案緣於莊姓負責人與余姓業務因工作不合，余男留下簡訊告知「要把公司不好的事情抖出來」等語，莊男提告余男妨害名譽；檢方開庭時，余男檢舉自己負責修飾澱粉業務，但莊男指示將過期澱粉重新包裝販賣，他實在看不下去，並出示相關證據，檢方因此分案偵辦。
檢方在民國102年間搜索味元公司後，查扣修飾澱粉相關帳冊，莊男隨即對余男撤告，並表示，沒有做錯，這些澱粉本來就可以延長期限。
檢方查出味元公司是以澱粉起家，分別從泰國、越南及泰國進貨，後來從印度進貨加賣魚漿產品，反而在巿場占大宗，辦案人員經比對帳冊後，發現魚漿也有竄改問題，魚漿等級分為「B.C.KA.A.AA.SA.SSA」，但莊男指示員工，將「A」改為「AA」、「SA」改為「SSA」販賣，莊男到案後表示，這些魚漿他自已試吃過，並認定等級須改。
檢方偵辦期間，向味元買澱粉的廠商表示，做醬油膏時，發現加入澱粉後應該會有黏稠狀，卻沒有效果，覺得味元的品質不佳，後來退貨了；公司員工則證稱，之前衛生單位來稽查時，曾經把已竄改產品載到別的地方藏起來，且為竄改產品而加班時，莊男苛刻加班費。
檢方調查發現，有問題的澱粉逾9萬3000公斤，約3700包，每包單價新台幣30多元，有問題的魚漿約25萬公斤，每公斤約5至7元，總計不法所得逾180萬元。
台北地檢署今天將全案偵結，依詐欺、偽造文書及食品安全衛生管理法等罪起訴莊錦墉、莊妻楊麗珍、楊姓經理、檢舉本案的余姓業務，另對味元公司起訴，將處罰金刑，其中余男建請法院審酌他是本案檢舉人，應處適當之刑，3名公司員工則獲緩起訴。