內政部役政署指出，按產業訓儲替代役首年法定第一階段基礎訓練28天，依法完全適用替代役實施條例規定，權利義務與一般替代役相同；第二階段約11個月在用人單位服役期間，依替代役實施條例第6條之1第2項規定；其權利義務事項，除該條例另有規定者外，適用一般替代役之規定；包括役男的保險、醫療、撫卹、慰問、及生活扶助等事項，均優於一般勞工權益，擁有更多的保障；第三階段2年，完全適用勞動基準法，回歸市場機制運作。
內政部役政署表示，另產業訓儲替代役，基於使用者付費原則，其中企業每申請一名大專學歷役男，首年每月需要繳納28,000元的費用，絕非外界批評的19.5K，除支付役男薪俸以外，其餘費用全部用在役男第1階段基礎訓練與第2階段的薪俸、保險、撫卹及機制運作等支出。
內政部役政署強調，由於役男第一階段及第二階段合計第1年是為法定役期，薪俸部分必須與服常備兵役的役男權益有所衡平，以期公平合理；另役男在用人單位服役第二階段期間，有關役男工作時間、請假、休假、出差、加班等事項，依研發替代役甄選訓練服役實施辦法第13條規定，均不得低於勞動基準法所定之最低標準，一定會保障役男的基本工作權益。
內政部役政署表示，自97年起，推動的研發替代役制度，延攬產業科技人才投注於產業單位，兼顧役男專長運用與國家經濟發展需要，並提供役男多一項服役選擇，滿足產業對穩定且優質人力之需求與期待，為政府施政、國家整體經濟、產業單位、役男創造多贏局面，深獲役男及用人單位的高度肯定；產業訓儲替代役即是運用相同的制度理念，並將申請資格放寬為專科以上畢業的副學士，即可提出申請，敬請社會各界進一步了解制度內容，相信一定可以了解政府對役男服役管道的用心規劃，並給予支持。