立法院教育及文化委員會1日審查「104年度故宮文物藝術發展基金」預算，故宮南院未來包含哪些永久典藏文物，成為討論焦點。
民進黨立委黃國書詢問，故宮南院開幕後，將以哪個文物做為「鎮館之寶」？立委鄭麗君則不滿故宮先前提供的南院文物典藏清單都是新購品，並無故宮原有國寶文物移往南院永久典藏；她指出，所謂南院為故宮分院的說法根本無法成立，只能說是新的博物館。
故宮副院長何傳馨指出，2004年核定南院計畫之後，故宮就開始新購文物，在這之前的故宮文物究竟哪些適合放置在南院永久典藏管理，還需要再討論。
馮明珠強調，這是文物管理問題，每個庫房都有不同的溫、濕度保存文物，故宮南院將來有6個庫房，所以一定會有故宮文物到南院典藏。馮明珠說：『(原音)故宮博物院的文物分為四大處、17個庫房管理，因為每個庫房要求的的溫、濕度都有不同，如果是漆器，它展完一定要回到漆器庫房，這是一個管理的問題，舉例來說如果是織品將來一定是回到織品的庫房，所以將來南院會有6大庫房，除了1個臨時庫房之外，5個庫房都有分它的溫、濕度，所以將來不過就是4處大概加起來20幾個庫房在管理，所以一定南院會有典藏的。』
馮明珠表示，故宮許多文物都會到南院展出，所有故宮文物都屬「鎮館之寶」，包括著名的「龍藏經」也會在第一波故宮南院常設展中亮相。
經過討論，教委會最後決議，要求故宮再提出一份故宮南院未來永久典藏清單；若真無故宮原本典藏國寶文物，故宮就必須面對外界質疑，提出說明。