為合理分配及運用回饋金，該部除訂有公益彩券回饋金運用及管理作業要點據以規範外，並設置由專家學者及相關部會代表等組成之回饋金運用及管理作業小組，每年就辦理推展社會福利事項之衛生福利部等主辦機關所提出之指標性及年度運用計畫進行審議並分配各機關獲配之額度。各獲配機關除須就審議通過之年度運用計畫上網公告外，並依該計畫之優先順序，聘請至少一名前述作業小組專家學者所組成之複審小組，就申請計畫進行審查，爰每年辦理回饋金分配之過程，均為公正公開，並同時兼顧專業分工及運用效率之提升。
財政部進一步表示，為使回饋金補助之資訊更加公開透明，近期將召開回饋金運用及管理作業小組會議，提案請各獲配機關應整合歷年補助計畫及執行成果於其官網專區上揭露，以利大眾瞭解，並彰顯公益彩券之公益性。
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