中科擴廠案爭議使環保團體與市長林佳龍關係瀕臨絕裂，環保團體25日上午再度到臺中市政府抗議，反對台積電中科擴廠的立場，副市長潘文忠雖到場致意，表示市長已讓台積電與中科做出更多的承諾，市府會全力督促履行，並安排適當時機與環團開會溝通，但市府的回應讓環保團體覺得林佳龍在吃環團的豆腐，整碗端走市民的健康；昔日的戰友今日已變成敵人！
由於林佳龍25日上午正主持市政會議，當環保團體到市府抗議時，由副市長潘文忠代表到場致意，肯定在環團的努力下，承諾願意協助安排環團到彈藥庫現場勘查，而後安排適當時機讓環團與林佳龍開會溝通。潘文忠強調市府是站在民眾這一方，已讓台積電與中科做出更多的承諾，會全力監督履行。
環保團體對於林佳龍的態度非常「痛心」，他們認為林佳龍的回應與市府發表的所謂站在民眾這一方的新聞稿，根本就是在吃環保團體的豆腐，不針對環團所提的污染問題表明立場，反而是站在財團的立場要市民接受擴廠案。其與馬英九總統要硬幹服貿的做法一樣。
環保團體指出，林佳龍絕對可以站在維護市民健康的立場拒絕中科擴廠案，但卻協助台積電關說環評，為該案踢進臨門的一腳，且又把責任推給國科會；而那些支持林佳龍的朋友，又都說這件事不應該罵林佳龍，應該去罵台積電。
環團認為，抗議台積電、抗議中科當然是要進行的，但問題是林佳龍的立場，林佳龍當初怎麼口口聲聲的環保、怎麼口口聲聲與人民站在一起？
環保團體發表一封給林佳龍市長的公開信，質疑林佳龍「你用多少人的生命交換台積電的工廠」？信中說到，11月29日那天晚上，我們高興的歡呼，為好不容易贏得的勝仗落淚．．但是為了搶救大肚山，反對中科擴廠案，我們變成了陌生人，敵人！這短短幾個月變化，叫人情何以堪？