台南市環保局在嘉南大圳全線設置13個水質測站，監測水中懸浮固體、溶氧、氨氮、生化需氧量濃度等，第一季監測結果是中度至嚴重污染。
嘉南大圳流經台南市的善化區、安定區、安南區，包含鹽水溪排水、安順排水、六塊寮排水、曾文溪排水、本淵寮排水、海尾寮排水等6條支流，流域人口約15萬人。
台南市環保局表示，嘉南大圳因沒有天然河川等水源補助，流域內民生污水下水道系統也未普及，上游有養豬戶聚落，中下游沿岸工業區林立，污水由支流排入大圳，造成水質污染。
環保局統計，嘉南大圳流域水污染防治法列管畜牧業有56家，共飼養4萬1000頭豬，多數集中在善化區及安定區；水污染防治法列管工廠有66家，其中16家污水納入樹谷工業區聯合污水處理廠，50家設有廢水處理設施。