高鐵去年雖獲利新台幣55億元，很多人質疑高鐵為何有倒閉疑慮，為何一定要財務改革。
事實上，高鐵包括興建期9年、營運8年，35年的特許期只剩18年，但貸款仍有新台幣3600億元，未來系統汰換更新費用估計也高達1000億元，平均每年折舊達235億元。
而目前高鐵累積虧損還超過400億元，營運面臨資金缺口，加上特別股股東為贖回到期的股本與股息，對台灣高鐵提起訴訟，台灣高鐵已負債準備36.95億元，超過公司現金餘額13.32億元，一旦法院判決強制執行，高鐵公司無力清償。
立法院通過的高鐵財改案，先減資6成約391億元打消累計虧損，並將特許期從35年延長至70年，大幅降低折舊，另增資300億部分，242億由高鐵相關建設基金支付，58億來自勞退基金或中技社、航發會等泛公股，消除先前因有全民釋股，遭部分人指可能圖利財團的誤會。
交通部說，高鐵財改後，泛公股持股比例從現在22.1%增為63.9%；其中，真正公股的比例為48%，原始五大股東的持股則從37.4%降為17.4%，政府不但能名正言順主導高鐵經營，仍維持高鐵為民間經營的效率與活力。
台灣高鐵董事長劉維琪也忙著向高鐵公司提起訴訟的特別股股東溝通，請法院延遲執行訴訟案，讓台灣高鐵有時間完成與交通部的合約修正，並由銀行同意動用在計畫專戶裡的500多億元，將特別股全部買回，同時支付積欠的股息。
高鐵局說，也許時空背景不同，但高鐵當年的財務預測的確太樂觀，造成低估成本，同時又高估運量，現在等於回到健全的財務模式。
逢甲大學運輸科技與管理學系副教授李克聰說，台灣交通建設的BOT都未成功，主要是放由業者規劃，業者為取得標案，都會過於美化，反而失去BOT的真正用意，未來應由政府主導規劃，業者只做配套的設計與施工。
李克聰說，高鐵財改算把高鐵救回來了，政府應趁此檢視，將其他的BOT案，找到平衡點，不要讓政府、民眾與業者三輸。