水試所長陳君如表示，澎湖水族館去年底大東山集團因空難和海難等，重創澎湖觀光，決定提前解約回歸農委會澎湖水試所管理後，水試所澎湖研究中心部份人力進駐，利用原廠商的履約保證金和爭取經費來整理，同時維繫館中所飼養的海洋生物之照顧等工作。
陳君如表示，澎湖水族館未來還是採取委外經營模式，已有國內多家遊樂場業者有意接手，目前正進行後續程序的作業，不過，今年要重新對外開放的期程，可能來不及了，最快的話，明年農曆春節年假是最為適合。
澎湖海洋生物研究中心主任林金榮表示，澎湖水族館在民國93年起委由南仁湖集團經營，98年起再由澎湖旅外的大東山集團接手，原本是要營運至109年；但大東山接手營運後，接連傳出空、海難等天災人禍，重創觀光產業，決定提前去年底解約退出經營。
林金榮表示，水族館在委外經營近10年後，去年底回歸澎湖海洋生物研究中心管理，水族館是在民國87年省府時代興建的一座兼具研究、教育、觀光等多功能的水族館；精省後移交農委會水試所澎湖海洋生物研究中心接手管理，在90年代，澎湖觀光旅遊高峰期，還曾是遊客票選第1名的觀光遊憩景點。