總統馬英九18日說，前總統李登輝在1999年提出「兩國論」主張，使得兩岸關係遭受很大阻礙；「兩國論」是黑箱作業，對台灣的傷害非常大。
馬總統執政7周年，今與中外媒體茶敘，記者提問，是否擔心反對黨取得執政，影響兩岸關係？
總統回應說，如果未來的政府，政黨輪替，不尊重「九二共識」；不是空口亂說，看過去幾年來的發展，很明顯的，兩岸關係與九二共識，「相合則望、相離則傷、相反則盪」。
馬總統指出，1992年達成共識，1993就辜汪會談，很順利；可是到了1994發生千島湖事件，兩岸交惡；1995李前總統訪美，兩岸緊張關係不斷攀升，中共開始在大陸沿岸軍事演習；1996年選總統，中共對基隆、高雄外海發射飛彈，美國還派兩個航母戰鬥群到台海來。
總統說，到了1998辜訪陸，1999汪來台，結果當年李前總統提出「兩國論」主張，使得兩岸關係遭受很大阻礙；「兩國論」是黑箱作業，沒有人知道，包括當時的陸委會主委蘇起以及新聞局長程建人都不知道，所以回覆國內外媒體時，捉襟見肘，「對台灣的傷害非常大」。
馬總統強調，當時政黨輪替後，不尊重「九二共識」，兩岸關係停了八年，海基、海協會除了來往函電、文書驗證，完全沒有協商，對於台灣人民急需的直航三通，完全沒有著墨；「歷史很清楚，經驗教訓很清楚，任何政治人物處理兩岸關係，都不能忽略這一段」。