對非自用住宅部分，其稅率採取｢短期從重｣、｢長期較低｣方式，配合不動產特銷稅轉型改課房地合一所得稅，將持有1年以內房地交易所得稅稅率訂為45%；另將持有超過1年而在2年以內者，稅率訂為35%。至於持有超過2年在10年以內者稅率訂為20%；持有期間超過10年稅率訂為15%。另外，為抑制外資炒作房地產，對於非居住者之稅率從高訂定，持有1年以內之稅率訂為45%，持有超過1年之稅率訂為35%。
另外，外界有認為上開稅率設計較營利事業所得稅稅率17%為高，恐衍生以成立公司買賣不動產方式規避稅負問題。財政部說明，公司出售土地和房屋之交易所得除須繳納17%營利事業所得稅外，盈餘分配予股東時，尚須歸課個人股東營利所得，按綜合所得稅5%～45%累進稅率課稅；倘公司盈餘不分配時，則須加徵10%營利事業所得稅，且公司交易房屋另需負擔5%營業稅，又公司持有房地不適用長期持有或自用住宅等優惠稅率。
財政部強調，目前全國房屋計有970餘萬棟，房地交易所得稅制改革影響層面廣大，為利改革順利推行，爰採取｢縮小影響層面｣、｢保障自住權益｣、｢鼓勵長期持有｣及｢對短期投機交易合理加重課稅｣等改革策略。該部將持續蒐集各界意見後，提供行政院參考，期盼能取得各界支