針對「昇豐12號」案，外交部長林永樂14日受訪表示，菲律賓處理此事有顯現若干善意，也有遵守雙方的海上執法共識，這個合作機制促使兩國相關漁船爭議得以降到最低。
但林永樂強調，台灣漁民應尊重菲律賓的領海及漁業法，他說：『(原音)將來我們也希望把這些訊息能透過漁業署，能讓更多漁船業者能夠了解，就是我們要尊重菲律賓相關的法規，當然我們也希望菲律賓也要尊重我們的相關法規。』
林永樂指出，菲律賓漁業法的罰責很重，希望類似事件以後不要發生，林永樂說：『(原音)你要無害通過，要不你就事先要跟對方說明，要不你就要懸掛國旗，就是你要讓對方知道這個事情，而不是說你跑到人家的領海，所以我現在是無害通過；我覺得這個原則，大家要相互遵守。』
至於「昇豐12號」目前的情況，林永樂說，菲國已開出釋放命令，只等他們的移民局官員處理完出境程序後，「昇豐12號」人、船就會獲得釋放，因此我方認為，此事已經解決。