民航局指出，由於第一波端午連假加班機從4月20日開放訂位至今，以6月18、19日兩天自台灣飛往離島，以及6月21日由離島返回台灣的航班需求較高，因此台灣各家航空公司已經依據旅客訂位情形，再規劃金門和澎湖航線加班機，其中澎湖航線增加22架次、提供2,494個座位，金門航線增開2架次、提供326個座位，並於下週一上午8時開始受理民眾電話及網路訂位購票。
此外，由於之前春節及清明節連續假期，民航局採用在機票上加註「限當日當班次」、「逾期作廢」等使用限制，明顯降低旅客訂位後未搭乘比例，因此端午節連續假期也將比照辦理，凡是6月18日到20日從台灣出發到離島，以及6月20日到22日自離島返回台灣的機票，都會加註「限當日當班次」、「逾期作廢」的使用限制。