菲律賓漁業局文件顯示，經過進一步調查，昇豐12號的舊船籍為菲律賓漁船「Teresita 16號」，曾透過菲國華人夥伴在菲國合作捕魚。
這家公司旗下有多艘漁船，其中1艘「Teresita 6號」於2007年6月2日涉嫌「盜漁」被捕，船上的台灣漁民被罰20萬美元，但卻未繳逃逸。之後不久，女性華人船東也失去蹤跡。
7日清晨約5時20分，菲方巡邏人員在巴丹群島（Batanes）的北島（North Island，台稱雅米島）離岸6.5浬處發現昇豐12號，於是依程序登檢，在船上發現昇豐12號的登記漁場為印度洋，於是質疑為何取道菲國領海而非南海。
之後，執法人員又在船上小冊中發現昇豐12號的舊船籍，立即聯想到「Teresita 6號」的陳年舊案，於是決定拖回巴丹群島的巴斯戈港（Basco）作進一步調查。
雖然被懷疑與舊案有關，但菲方8日是以「盜漁」嫌疑將昇豐12號案移送地檢署，包括船長洪添丁在內6人已經交保，目前留在巴斯戈鎮，等候中華民國駐菲代表處與菲方的協商結果。
根據菲國漁業法，外國漁船只要無照進入菲國海域，即視同「盜漁」論，而3月甫生效的新版漁業法，已將行政罰金提高為60萬美元至100萬美元。