市府將於5月14日召開鐵路地下化臺南市都市計畫委員會議，南鐵自救會抨擊市府在環境差異行政訴訟尚在進行中，即重啟都委會審查程序，是掩耳盜鈴，企圖掩蓋霸凌人民事實。
南鐵自救會亦質疑市府在5月14日召開鐵路地下化臺南市都市計畫委員會議通知單上，備註事項的兩項限制：1、會議中不得攝影、錄影或錄音；2、會議進行委員討論前，各級民意代表、旁聽之居民、居民代表及相關團體等均應離開會場。是否真能達到賴市長所謂的「開放政府」的承諾？是否真能保障沿線居民的權益？
南鐵自救會指出，自救會被邀請於會議前半小時指派5人代表，一人3分鐘共15分鐘，依序發言表達意見。沿線這麼多居民，卻限定人數與時間，如何能讓全體居民心聲被完整表達？這真的是「開放政府」要達成的全民參與嗎？
市府表示，針對主張南鐵案現階段尚在進行環境差異行政訴訟，認市府應即停止都市計畫程序一節，查都市計畫法第27條之2「重大投資開發案件，涉及都市計畫之擬定、變更，依法應辦理環境影響評估、實施水土保持之處理與維護者，得採平行作業方式辦理…」因此二者可並行不悖。
市府指出，台南鐵路地下化建設為中央核定之國家重大建設，中央持續督導計畫進行並管控執行進度，因此市府沒有拖延之理由，應儘速完成市府層級之都市計畫變更審議程序後，送請內政部都市計畫委員會續審，本次都委會大會依例通知小組陳情後表示要在大會陳述意見者，於法並無不合。