劉增應自去年底上任以來，就積極希望海大能在馬祖設立分部。為此，他曾經在今年2月前往海大拜會，校方也表示樂見其成，盼創造雙贏局面。
此外，教育部高教司官員及海大主管也曾在4月時前往馬祖現勘，初步了解當地漁業發展和海洋生態。
劉增應表示，馬祖目前雖有完整的中小學與高中教育體系，但一直都沒有大學，有礙於地方的發展與永續經營。縣府在思考馬祖地理環境為前提之下，才希望與海大合作。
「馬祖為何只想要海大分部？而不希望是台大、清大或交大的分部呢？」劉增應說，馬祖現階段的發展暫時不需要培養電機、外文或土木工程人才。馬祖雖然土地面積有限，只有29.6 平方公里，但海洋面積無窮、資源豐富，且地理位置又在中國大陸閩江口外，有利培養國家海洋人才，或是從事相關學術、養殖漁撈、海洋休閒、海洋生物與生態等研究。
劉增應表示，海大在這些相關科技與學術研究上不只位居台灣龍頭，也在國際上領先，所以一直希望有海大馬祖分部，並盼望藉由地緣關係搶得先機，做為台灣前進中國大陸的跳板，或是掌握海洋資源的基礎，也可培養兩岸的海洋人才。
他認為，現在台灣地區的大學教育資源發展迅速，甚至有過剩的現象，未來都理應朝合併方向發展，但就馬祖本身觀點來說，有點矛盾。就國家教育發展方向來說，每縣市原則上都應該有一所大學，但唯獨馬祖沒有，這也是馬祖要去爭取海大分部的理由之一。
劉增應強調，爭取海大分部絕對不單只是讓馬祖的學生找到繼續升學的管道，若有這種出發點，態度過於狹隘，而是以國家戰略地位，思考海洋科技與人才發展、提升兩岸競爭優勢為出發點。
「教育部對這個規劃的態度，不如我們想像中的積極」，劉增應說，由於相關辦法規定，大學分部的土地面積至少要兩公頃以上，且每年需要新台幣3000萬元的預算，馬祖因為土地面積有限等因素關卡，一直尚未獲得高教司的允許。
他表示，縣府的相關計劃書已送到教育部，希望教育部能因地制宜，以專案方式早日支持海大在馬祖設立分部。